PostgreSQLがお勧め

Alinous-Coreのサンプル集などでは、Apache Derbyを、「まずは、動かして使ってもらう」という目的から、「セットアップが簡単なDB」として選んでいます。ですが、実のことを言うと、一通り機能の概要を理解できて「さあ、これからAlinous-Coreで開発をするぞ」と言うときは、PostgreSQLを利用してもらうのが理想です。

なぜかというと、PostgreSQLの方がいろいろとツール類が充実しているからです。また、DBの設計をするときにDDLを作っていくと思いますが、DDLは、各DBでそれぞれ癖がかなりありますから、運用時と同じDBを利用することをお勧めします。

また、セッション（システム）DBとアプリケーション用のDBのインスタンスは、なるべくならば分けておくことをお勧めします。なぜならば、アプリケーション用のDBのダンプを取ってバックアップするときに、その方が保存しておく必要のない、揮発性のデータを含まなくても済むからです。